این بررسی با هدف ارزیابی اثرات داروهای ضدعفونی کنندۀ متیلن بلو و کلرامین T بر فلور باکتریایی و قارچی بچه ماهیان کپور کوی انجام شد. تیمارهای مورد بررسی در طرح کاملاً تصادفی طراحی گردید. تعداد 210 عدد بچه ماهی کپور کوی با وزن متوسط 5/1 گرم و طول کل 5/4 سانتی­متر در 21 تشتک 20 لیتری به طور یکسان توزیع گردید. تیمارهای مورد بررسی شامل گروه شاهد (بدون مادۀ ضدعفونی)، تیمارهای ضدعفونی با مادۀ شیمیایی متیلن بلو با غلظت‌های  2، 3 و  4 ppm و تیمارهای کلرامین T با غلظت‌های10، 15و 20 ppm هر یک با 3 تکرار بودند. عملیات ضدعفونی به صورت حمام‌دهی برای مدت 30 دقیقه در طی 3 روز متوالی انجام شد. در پایان روز سوم کشت میکروبی و قارچی نمونه‌های پوست و آبشش به روش کشت سطحی صورت گرفت. نتایج ارزیابی آماری فلور باکتریایی پوست و آبشش نشان داد کلرامینT ppm 20 و متیلن بلو 4 ppm تأثیر معنی دار آماری کاهشی بر فلور باکتریایی و قارچی اندام های مورد بررسی در مقایسه با تیمار شاهد داشته‌اند به طوری که در کاهش فلور باکتریایی و قارچی آبشش_­ها و پوست مواد و مقادیر یاد شده مؤثرتر از سایر تیمارهای مورد بررسی بوده اند( 05/0P<).